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Problema per domicilio diversa da residenza (carta soggiorno)

Salve,
sono un italiano da poco sposato con una cittadina georgiana. Abbiamo celebrato il matrimonio all’estero ed abbiamo trascritto in Italia l’atto di matrimonio tramite ambasciata, ma abbiamo un problema riguardante la carta di soggiorno, in quanto io sono residente a Trieste ma attualmente viviamo nella mia casa in provincia di Cosenza. Abbiamo chiesto alla questura locale se fosse possibile richiedere loro la carta di soggiorno, ma ci hanno risposto che dovremmo rivolgerci alla questura di Trieste. Quest'ultima sostiene che dovremmo fare la richiesta in Calabria, perché attualmente viviamo qui. Il problema sembra essere l'impossibilità di effettuare il "controllo dell'effettiva convivenza" in un comune diverso da quello dove si ha la residenza ufficiale. Probabilmente sarebbe più facile cambiare residenza, ma sosteremo qui solo qualche mese e poi andremo a vivere a Trieste (dove al momento non ho casa). La nostra preoccupazione principale è quella di ritrovarci oltre il limite dei 90 giorni di permanenza in Europa senza alcuna documentazione che permetta a mia moglie di vivere liberamente in Italia.
Qualcuno può darmi consigli?
Grazie,
Nemo