Se sei effettivamente un cittadino Portoghese, in verità, avresti potuto soggiornare in Italia nel 2002 senza neanche un permesso di soggiorno (entrando con un passaporto portoghese), così come i tuoi famigliari.
Quindi passerei subito al punto 3: devi entrare in Italia come cittadino portoghese.
Se vuoi restare a vivere in Italia (>3mesi), ti basterà iscriverti all'anagrafe al Comune dove vuoi avere residenza.
Se resti perchè vuoi lavorare qui devi produrre dei documenti che attestino il lavoro che fai.
Se non hai per il momento un lavoro (ma lo cercherai) devi produrre dei documenti che attestino le tue risorse economiche che devono essere ovviamente sufficienti.
http://www.poliziadistato.it/articolo/10387/Per tua moglie dovresti informarti al Consolato/Ambasciata o su internet per far sì che lei abbia la cittadinanza portoghese per matrimonio e fare lo stesso procedimento descritto sopra.
Oppure chiedere la Carta di Soggiorno come famigliare di un Cittadino dell'Unione.
Fidati, è più conveniente entrare come cittadini EU che rifare l'ambaradan del permesso di soggiorno, soprattutto per tua moglie.