Non è possibile la compresenza di due permessi di soggiorno (lavoro, familiare, studio..ecc.) in due paesi UE, quindi penso sia valido anche per le carte di soggiorno per familiare di cittadino europeo.
L'ottenimento del permesso olandese (Neerlandese) comporta quasi similmente gli stessi diritti che garantisce il permesso italiano, quindi è ridondante avere due permessi UE, anzi la legge non lo permette (così come vi ha detto la questura).
Detto ciò, se mai dovesse perdere il permesso olandese, vige sempre TUTTO il diritto per la carta di soggiorno per familiare di cittadino europeo, in quanto rimane comunque un familiare di cittadino europeo.
Per motivi di spostamenti intra Schengen e comodità in generale è meglio un permesso normale UE che una carta di soggiorno per familiare di cittadino europeo. Quindi ben venga se riesce ad ottenere quello olandese.