Il tuo cognome non porrà in nessun caso alcun problema per l'acquisizione della cittadinanza italiana.
Però, è altamente consigliabile, come dici tu, di mettere a posto le cose.
La soluzione univoca e definitiva è di farti fare dal Brasile un certificato di nascita che apporti nomi e cognomi di tuo padre e di tua madre.
In mancanza di ciò, fatti fare tre certificati di nascita, uno tuo, uno di tua madre e uno di tuo padre (te li fanno anche se fossero defunti).
È vero che gli ufficiali di stato civile dovrebbero saperlo già loro che i paesi hispanici e portogesofonici hanno il sistema del doppio cognome (paterno-materno in Spagna, matarno-paterno in Brasile). Ma l'ignoranza nelle p.a. è spesso abissale.
Quindi, con tale documentazione, puoi provare univocamente qual'è il cognome di tuo padre e qual'è quello di tua madre. Con tale prova richiedi per iscritto che il tuo cognome venga, su territorio italiano, espresso secondo l' OSC (ordinamento di stato civile) italiano, cioè, usando solo il cognome del padre ed omettendo quello della madre.
Ciò lo devi fare sia ora per tua figlia che più tardi per la trascrizione della tua propria nascita dopc che avrai fatto li giuramento.
In caso di ulteriori dubbi, che entrino in dettagli particolari della tua situazione che non siano di interesse generale, sto a disposizione sulla mia email privata.